بخشی از آثار علمی حضرت آیت الله مهدوی کنی به قرار ذیل است
تقریرات درس‌های خارج فقه آیات عظام بروجردی و خمینی
کتاب نقطه های آغاز در اخلاق عملی
کتاب اصول و مبانی اقتصاد اسلامی در قرآن
کتاب بیست گفتار
کتاب شرح دعای افتتاح
تدریس خارج فقه در دانشگاه و مدرسه علمیه مروی برای دانشجویان و طلاب دوره‌های عالی
تدریس آیات الاحکام در مدرسه مروی و آیات اقتصادی در دانشگاه امام صادق علیه‌السلام
تدریس دوره‌های اخلاق اسلامی در دانشگاه امام صادق علیه‌السلام و حوزه علمیه مروی
صدها سخنرانی علمی در محیط‌های حوزوی و دانشگاهی
مصاحبه‌های علمی با مطبوعات و شبکه‌های تلویزیونی
راهنمایی چندین پایان‌نامه کارشناسی ارشد و دکتری

شادی روحشان صلوات